La Casa de Misiones en Buenos Aires funciona desde las 7 hasta las 16. Está ubicado en Av. Santa Fe y Carlos Pellegrini, a 8 cuadras del Obelisco. Y según su Directora General, Miriam Durán, es un lugar muy atractivo, por donde pasan muchos misioneros, bonaerenses, porteños y turistas.
La Casa de Misiones tiene 5 delegaciones activas funcionando y cada una depende de sus organismos en la provincia. Las mismas son el Ministerio de Salud Pública, el Ministerio de Turismo, la Agencia Tributaria de Misiones (ATM), la Fiscalía de Estado, y el Sistema Provincial de Teleducación y Desarrollo de Misiones (SiPTeD).